中国科学院分子植物科学卓越创新中心（简称“分子植物卓越中心”，下同）是中国科学院直属的独立事业法人科研机构，其前身是中国科学院上海植物生理生态研究所。1999年，原中国科学院上海植物生理研究所与原中国科学院上海昆虫研究所整合成立中国科学院上海植物生理生态研究所。2016年，植物生理生态研究所依托分子植物卓越中心，设立中国科学院直属科研机构。2019年，分子植物卓越中心获批独立事业法人资格。
“十四五”期间，分子植物卓越中心面向植物科学国际前沿，围绕农业可持续发展和生态环境安全的重大战略需求，开展前瞻性、战略性基础和应用基础研究。发挥植物、昆虫和合成生物学“三位一体”多学科优势，在植物遗传、代谢、发育、生理及其与环境互作等前沿领域开展系统研究；力争在作物杂种优势、作物碳氮高效、高碳汇植物创制、植物干细胞与再生、植物逆境应答和免疫机制等方面取得重大理论突破和技术革新，为保障国家粮食安全与生态安全提供理论基础和技术储备，强化创新源头供给。明确了以“植物碳氮高效”、“作物复杂性状调控的理论基础”和“植物与环境互作”作为主攻方向，“先进合成生物学”、“植物多维组学”和“数字植物与定量生物学”为新兴前沿方向和未来技术的整体布局。分子植物卓越中心将以强化国家战略科技力量为导向，优化及提升在人才队伍、平台支撑、资源配置、体制机制等方面的布局，汇聚一流的创新资源，以期建设成为分子植物前沿科学研究杰出的人才高地、重大成果发源地和国际一流的现代植物科学研究中心。
近五年来，中心发表高水平论文1250余篇，其中以第一单位/通讯作者在Science、Cell、Nature上发表22篇； 获得2项基金委基础科学中心项目，2项成果入选院“率先行动”计划第一阶段重大科技成果及标志性进展；1项成果入选年度“中国生命科学十大进展”。
分子植物卓越中心和中国植物生理与植物分子生物学学会共同主办的英文学术期刊Molecular Plant《分子植物》SCI影响因子上升为27.5，排名位居植物科学类期刊全球第一，其姊妹刊Plant Communications《植物通讯》SCI影响因子也突破10分，助力了我国植物科学及农业、环境等相关学科的发展，提升了我国植物科学研究和科技期刊在国际上的影响力。
华东理工大学与中国科学院分子植物科学卓越创新中心联合培养招生生物学等相关领域的博士研究生。
